La ley esa se aplica siempre que no se haya estipulado nada en el contrato. En este caso, ambas partes, habéis firmado de mutuo acuerdo las condiciones de rescinsión del contrato, y éstas no se alejan mucho de lo que marcaría la ley de no existir un acuerdo previo, por lo tanto, no creo que se pueda hablar de "abusiva"

El contrato dice exactamente, lo transcribo tal cual la duración del presente contrato se establece por un periodo mínimo de dos años (...) en caso de desistimiento por parte del arrendatario antes de que se hubiera cumplido dicho plazo de dos años, dará lugar a una indemnización equivalente a una mensualidad de la renta pactada Entiendo que la penalización no sería de la mensualidad completa sino la parte proporcional, correcto? El cálculo se realizaría dividiendo la mensualidad pactada entre 24 meses de duración mínima del contrato y multiplicando el resultado por el tiempo que me reste hasta los dos años??? 

según esa clausula, si el inquilino (arrendatario) se va antes de finalizar los 2 años, el casero (arrendador) tendrá que indemnizar al inquilino (arrendatario) con una mensualidad.

Inquilino = arrendatario Casero = arrendador

Gracias Nacho, así lo entendía yo también, he visto que la redacción puede ser un poco confusa, la mensualidad ha de pagarse por mi (arrendadora) al arrendatario Le propondré pagar la parte proporcional de lo que falta hasta los dos años y en caso de que se niegue entiendo que tendría que ir vía judicial buscando la declaración de la nulidad de la cláusula por abusiva, correcto?

considero que es una clausula abusiva y por lo tanto nula,en todo caso tendría que pagar la parte proporcional de la indemnización.

Artículo 11. Desistimiento del contrato

El arrendatario podrá desistir del contrato de arrendamiento, una vez que hayan transcurrido al menos seis meses, siempre que se lo comunique al arrendador con una antelación mínima de treinta días. Las partes podrán pactar en el contrato que, para el caso de desistimiento, deba el arrendatario indemnizar al arrendador con una cantidad equivalente a una mensualidad de la renta en vigor por cada año del contrato que reste por cumplir. Los períodos de tiempo inferiores al año darán lugar a la parte proporcional de la indemnización.